Кафедра госпитальной педиатрии организована в 1967 г. Заведующим кафедрой был кандидат медицинских наук Тен Сергей Иванович, первыми ассистентами были В.П.Ануфриев и О.Г.Филянская. В 1968 году заведовала кафедрой В.П.Смоленская, ассистентом была Г.С.Аршинова. С 1969 по 1981 год кафедрой заведовал доцент, позже профессор Е.И.Мерзляк В 1969 году на кафедру в качестве ассистента была принята Ф.С.Агубаева. В 70-х годах кафедра пополнилась такими преподавателями, как К.М.Абельгазина, Ш.З.Данбаева, Л.Н.Зародина, А.В.Крикунова, Н.Е.Подгайная, Н.А.Голубева, К.А. Кенжебаева, Е.В. Пухов, Б.Б.Джанабаева, А.Б.Кулов, Н.И. Коршунова. Первым врачом – лаборантом была А.Т.Курильченко, а затем Г.Н.Куярова, ставшие в последующем доцентами. Старшим лаборантом долгие годы была Г.М.Малаховская.

К 1980 году на кафедре госпитальной педиатрии было 26 человек. Кафедра пополнилась такими преподавателями, как К.К.Дакирова, Б.Ж.Ахметжанова, А.В.Тибатина, О.Т.Садырбаева, И.А.Егорова, Ш.А.Мурзагалиев, И.Дуплякина, Т.И.Зубцова, С.В.Аляпина, И.Г.Правич, Ильдейки В 1980 году заведующим кафедрой был доцент В.П.Ануфриев. 1982 году произошла реорганизация и были созданы 2 кафедры. Кафедрой детских болезней №1 руководил В.П.Ануфриев. Кафедру детских болезни №2 возглавляла вначале доцент И.А.Егорова, с 1985 года - доцент Л.Г.Хлопова, с 1986 года - профессор Б.М.Коган и с 1991 по 1995 гг. - вновь Л.Г.Хлопова.

В связи с переменами в общественно-политической жизни страны и обретением Республикой Казахстан независимости, актуальной проблемой стало преподавание на государственном языке. И в 1995 году была организована кафедра педиатрии восточного отделения под руководством доцента А.Б.Кулова. Курс неонатологии возглавляла К.А.Кенжебаева. Русское отделение кафедры детских болезней №2 объединили с кафедрой детских болезней лечебного факультета, заведовала кафедрой профессор Е.И.Ройтман.

В 1997 году восточное и русское отделения вновь объединили, была создана кафедра госпитальной педиатрии, ею заведовала доцент Г.Н.Куярова, а с 1999 года - к.м.н. М.Б.Бабенко. С 2000 года кафедра была реорганизована и, став курсом, вошла в состав кафедры детской хирургии.

С 2002 года по 2005 год курсом детских болезней №2 заведовал доцент, кандидат медицинских наук А.Б.Кулов. В сентябре 2005 года вновь произошла реорганизация, образовалась кафедра детских болезней №2 с амбулаторно-поликлинической педиатрией под руководством доцента, кандидата медицинских наук Б.Т.Тукбековой.

В настоящее время кафедру детские болезни № 2 возглавляет д.м.н. профессор Б.Т.Тукбекова  В 2007 году на кафедре защищена докторская диссертация заведующей кафедрой, доцента Б.Т. Тукбековой на тему: «Состояние здоровья детей сельской местности с хроническим гломерулонефритом и ревматической лихорадкой»

На кафедре детские болезни №2 в настоящее время работают профессора: д.м.н., и.о профессора С.Б.Дюсенова, к.м.н.,и.о профессора С.Т.Кизатова.

Доценты: к.м.н. К.Б.Жактаева, к.м.н В.П.Ануфриев.

Ассистенты: Г.Б.Серикова, А.А.Исаева, З.Н Мамлина, Н.А.Еримбетова, Ж.Ж.Алимшаихина, С.М.Садвакасова, М.М.Сабиева, А.А.Жанпейсова, Р.А.Ниетбаеа.

Клинической базой кафедры является областная детская больница, которая включает в себя онкогематологический и неонатальный центры, гастроэнтерологичеcкое отделение, эндокринное, неврологическое, кардиоаллергологическое, отделение патологии младшего возраста, нефрологическое и пульмонологическое отделения. Современное, высокоэффективное оборудование, использование новейших программ лечения позволяет проводить обучение студентов 5 и 6 курса педиатрического, субординаторов общей практики и акушеров-гинекологов лечебного факультетов, а также бакалавров на высоком уровне. Курация больных, ночные дежурства, работа в процедурных кабинетах и отделениях функциональной диагностики позволяют овладеть студентам и начинающим врачам необходимыми практическими навыками.

Индивидуальная работа преподавателей с каждым студентом, клинико-теоретические конференции, тематические и клинические обходы, компьютерное обучение закрепляют полученные знания. Кафедра остается ведущей среди кафедр педиатрического профиля, выпускающей субординаторов, базой постдипломного обучения студентов и факультета повышения квалификации врачей.

Научное направление кафедры - актуальные проблемы неонатологии, кардиологии, аллергологии, эндокринологии детского населения.