СҒҚ негізгі құрылмдық – функционалдық бірлігі болып Университеттің тәжірибелі оқытушыларының қарамағында жұмыс істейтін кафедралардың студенттік ғылыми үйірмелер болып табылады (СҒҮ). Қазіргі кезде ҚММУ 5 секция әрекет етеді, онда кемінде 34 СҒҮ жұмыс істейді. Дәстүр бойынша, ең көп болып базалық дәрігерлік – биологиялық кафедралар мен шығарушы клиникалық кафедралардың СҒҮ болып табылады. Басқа факультеттердің де СҒҮ белсенді жұмыс атқарады.

Университет кафедраларының СҒҮ студенттерге келесі жұмыстар түрін ұсынып отыр:

·  Ауруларды емдеуде және диагностикалауда әртүрлі әдістерді, медициналық және химиялық – фармацевтикалық жабдықты  терең игеру;

·  Әртүрлі емдеу амалдадрына қатысу, тақырыптық ауруларды талқылау, ауру тарихын өңдеу және сараптау;

·   Кафедралық, кафедрааралық және жоғары оқу орындары арасындағы ғылыми конференцияларға қатысу;

·   Зерттеу жұмысын тікелей жүзеге асыру, кафедралар өткізетін эксперименталды және клиникалық зерттеулерге қатысу,

·   Отандық және шетелдік әдебиетке рефераттар мен аннотациялар жазу;

·   Олимпиадаларға, студенттік жұмыстардың конкурстары мен көрмелеріне қатысу, баяндама, тезистер мен мақалалар түрінде әртүрлі деңгейдегі ғылыми форумдарға ұсыну;

·   Әртүрлі ғылыми-зерттеу мекемелері мен ғылыми ұжымдардың, емдеу – профилактикалық және фармацевтикалық мекемелердің қызметімен танысу;